Молекулярное моделирование структурно-динамических и каталитических характеристик холинэстераз различных типов - Диссертации

Молекулярное моделирование структурно-динамических и каталитических характеристик холинэстераз различных типов Диссертации

Общие сведения

Соискатель

Новичкова Дана Александровна

Статус защиты

Защищена

Ученая степень

Кандидат физико-математических наук по специальности 02.00.15 - Кинетика и катализ

Дата защиты

29 окт. 2020 г.

Дисс. совет

МГУ.02.08 - Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова

Руководители

Лущекина Софья Владимировна - Кандидат химических наук
Научный руководитель

Оппоненты

Коваленко Илья Борисович - Доктор физико-математических наук
Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова

Никулин Алексей Донатович - Доктор химических наук
Институт белка Российской академии наук

Мазо Михаил Абрамович - Кандидат физико-математических наук
Федеральный исследовательский центр химической физики им. Н.Н. Семенова Российской академии наук

Организация выполнения работы

Институт биохимической физики им. Н. М. Эмануэля РАН

Статьи (5)

1	Novichkova D.A. , Lushchekina S.V. , Dym O. , Masson P. , Silman I. , Sussman J.L. The four-helix bundle in cholinesterase dimers: Structural and energetic determinants of stability Chemico-Biological Interactions. 2019. V.309. 108699 . DOI: 10.1016/j.cbi.2019.06.012 Scopus OpenAlex
2	Grigorenko B.L. , Novichkova D.A. , Lushchekina S.V. , Zueva I.V. , Schopfer L.M. , Nemukhin A.V. , Varfolomeev S.D. , Lockridge O. , Masson P. Computer-designed active human butyrylcholinesterase double mutant with a new catalytic triad Chemico-Biological Interactions. 2019. V.306. P.138-146. DOI: 10.1016/j.cbi.2019.04.019 Scopus OpenAlex
3	Lushchekina S.V. , Makhaeva G.F. , Novichkova D.A. , Zueva I.V. , Kovaleva N.V. , Richardson R.J. Supercomputer modeling of dual-site acetylcholinesterase (AChE) inhibition Supercomputing Frontiers and Innovations. 2018. V.5. N4. P.89-97. DOI: 10.14529/jsfi180410 Scopus OpenAlex
4	Lushchekina S.V. , Kots E.D. , Novichkova D.A. , Petrov K.A. , Masson P. Role of Acetylcholinesterase in β-Amyloid Aggregation Studied by Accelerated Molecular Dynamics BioNanoScience. 2016. V.7. N2. P.396-402. DOI: 10.1007/s12668-016-0375-x Scopus OpenAlex
5	Немухин А.В. , Григоренко Б.Л. , Лущекина С.В. , Поломских В.С. , Новичкова Д.А. , Варфоломеев С.Д. Квантово-химическое моделирование в исследовании молекулярных механизмов действия ферментов Глава монографии Физическая химия биопроцессов. – УРСС., 2014. – C.141-188. – ISBN 978-5-396-00585-3.

Тезисы (10)

1	Новичкова Д.А. , Лущекина С.В. Молекулярное моделирование кинетики связывания ривастигмина ацетилхолинэстеразами рыбы и человека В сборнике XXXVI Всероссийский симпозиум молодых ученых по химической кинетике : Сборник трудов. – Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова, Химический факультет., 2019. – C.135. – ISBN 978-5-91556-506-6.
2	Новичкова Д.А. , Лущекина С.В. , Немухин А.В. Физико-химические факторы, определяющие формирование и стабильность димеров холинэстераз В сборнике Материалы международного конгресса «Биотехнология: состояние и перспективы развития», 25 - 27 февраля 2019 г.. – ООО “РЭД ГРУПП”., 2019. – C.489-491. – ISBN 978-5-9909118-0-2.
3	Новичкова Д.А. , Лущекина С.В. , Sussman J. Dimerization interface of cholinesterases: analysis of crystal structures, free energy molecular dynamics calculations, and in silico alanine screening Military Medical Science Letters. 2018. Т.87. №suppl 1. С.82.
4	Новичкова Д.А. , Лущекина С.В. Различие в строении ацетилхолинэстераз различных видов и влияние его на кинетику взаимодействия с ингибиторами В сборнике Биохимическая физика : труды XVI Ежегодной международной молодежной конференции ИБХФ РАН-ВУЗы. Москва, 24–26 октября 2016 г.. – РУДН., 2016. – C.162-163. – ISBN 978-5-209-07915-6. РИНЦ
5	Новичкова Д.А. Применение методов компьютерного моделирования для оценки различий в структуре и свойствах холинэстераз различных видов В сборнике Материалы Международного молодежного научного форума «ЛОМОНОСОВ-2015» [Электронный ресурс]. – МАКС Пресс., 2015. – ISBN 978-5-317-04946-1.
6	Новичкова Д.А. , Лущекина С.В. , Немухин А.В. Межбелковые взаимодействия при формировании узла из четырёх a-спиралей на примере холинэстераз и нейролигинов В сборнике Биохимическая физика : Труды XIV Ежегодной международной молодежной конференции ИБХФ РАН - ВУЗы, Москва, 28–30 октября 2014 года. – Российский университет дружбы народов., 2014. – C.152-155. – ISBN 978-5-209-06328-5. РИНЦ
7	Новичкова Д.А. Транспорт ацетилхолина в АХЭ различных видов В сборнике Материалы Международного молодежного научного форума «ЛОМОНОСОВ-2014» [Электронный ресурс]. – МАКС Пресс., 2014.
8	Lushchekina S. , Gubaydullina A. , Polomskih V. , Novichkova D. , Nemukhin A. , Masson P. , Varfolomeev S. QM/MM of ChE-catalyzed reactions with special attention to OP inhibition The FEBS Journal. 2013. Т.280. №Special Issue: 38th FEBS Congress, Saint Petersburg, Russia, July 6–11, 2013. SW02.W9–3 :1-1.
9	Novichkova D.A. , Lushchekina S.V. , Masson P. , Nemukhin A.V. , Varfolomeev S.D. Computational study of the cholinesterase dynamics В сборнике The 11th International Meeting on Cholinesterases : Proceedings. 2012. – C.140.
10	Поломских В.С. , Новичкова Д.А. , Лущекина С.В. , Немухин А.В. Анализ кристаллографических данных структур ацетилхолинэстераз как один из этапов компьютерного моделирования В сборнике Биохимическая физика : Труды XI Ежегодной международной молодежной конференции ИБХФ РАН - ВУЗы. 2011. – C.207-211.

Конференции (10)

1	XXXVI Всероссийский симпозиум молодых ученых по химической кинетике 18-21 мар. 2019, Мытищи
2	XI международный конгресс «Биотехнологии: состояние и перспективы развития» 25-27 февр. 2019, Москва
3	13th International Meeting of Cholinesterases – 7th Paraoxonase Conference 09-14 сент. 2018, Hradec Králové
4	Биохимическая физика : XVI Международная молодежная конференция ИБХФ РАН-ВУЗы 24-26 окт. 2016, Москва
5	Международная научная конференция студентов, аспирантов и молодых ученых «Ломоносов» 13-17 апр. 2015, Москва
6	Биохимическая физика: ХІV ежегодная международная молодежная конференция ИБХФ РАН-Вузы 28-30 окт. 2014, Москва
7	XXI Международная конференция студентов, аспирантов и молодых учёных «Ломоносов» 07-11 апр. 2014, Москва
8	38th FEBS Congress 06-11 июл. 2013, Санкт-Петербург
9	11th International Meeting on Cholinesterases 04-09 июн. 2012, Kazan
10	Биохимическая физика: ХІ ежегодная международная молодежная конференция ИБХФ РАН-Вузы 09-11 нояб. 2011, Москва